Giovanni Miccoli è professore emerito di Storia della Chiesa nell'Università di Trieste, dopo aver insegnato alla Scuola Normale Superiore di Pisa e all'Università di Venezia. In ambito medievale si è occupato soprattutto di riforma gregoriana e di origini francescane e in ambito contemporaneo di antisemitismo cattolico, di Vaticano, guerra e Shoah e degli orientamenti del papato dopo il Concilio Vaticano II. Fra le sue numerose pubblicazioni: Antisemitismo e ricerca storica (Roma 2000); I dilemmi e i silenzi di Pio XII. Vaticano, Seconda guerra mondiale e Shoah (Milano 2007); In difesa della fede. La Chiesa di Giovanni Paolo II e Benedetto XVI (Milano 2007); Francesco d'Assisi e l'Ordine dei Minori (Milano 2009); Francesco d'Assisi memoria, storia e storiografia (Milano 2010).
Alla sua opera è stato dedicato il volume Una storiografia inattuale? Giovanni Miccoli e la funzione civile della ricerca storica (a cura di Giuseppe Battelli e Daniele Menozzi, Roma 2005).